거래구분의 [기타]는 매출,매입 이외의 계정을 주로 거래하는 거래처인 경우에 선택합니다.
예를들어 세무사사무실은 [지급수수료]가 주거래게정이 되겠지요.
외상으로 먹고 월말에 정산하는 식당이라면 [복리후생비]가 주거래 계정이 되겠지요.

주거래계정은 이 거래처에 주로 많이 사용하는 계정을 넣어서 전표입력을 좀 더 쉽게 하는 용도이며, 실제 거래전표에서는 다른 계정을 사용해도 됩니다.
말씀하신 거래처가 주로 매출 위주의 거래처라면...

1. 거래구분은 [매출], 주거래계정도 [401.매출] 그대로 둡니다.

2. 매입거래가 발생할때 매입매출 전표에서 이 거래처를 선택하면 기본으로 [거래구분-매출]에 [거래계정-매출]이 뜹니다.
이때, 거래구분을 [매입]으로 바꾸고, 거래계정도 [501.매입] 또는 관련 계정을 직접 입력합니다.

이해 되시죠?
거래처원장에서의 거래구분은 단지 전표를 입력할때 자동으로 처음 보여줄 구분, 거래계정을 선택하기 위한 옵션일뿐 실제 전표에서 사용자가 변경하면 변경한 대로 저장됩니다.

정확히 어떤 알림 말씀이시죠?
"매출인데 비용계정을 선택하셨습니다..." 이런 메시지요??

이것은 주의 메시지인데, 거래구분을 [매출]이면 거의 대부분 401.매출 같은 매출관련 계정을 선택해야하는데, 비용계정을 선택한 경우에 주의를 주는 메시지입니다.
이런 매출 거래처에서 매입을 기록하려면 거래구분을 [매입]으로 하고 비용계정을 선택하셔야 합니다.
제 답변이외의 현상이라면 그림을 캡쳐해서 다시 댓글 달아 주세요..